Если что катапультами в средние века называли баллисты, которые стреляют огромными копьями (или кучей мелких острых камней), и предназначены для поражения движущейся цели. Так что вполне можно использовать их для поражения драконов. И как видно было в сериале их шкура не такая уж и толстая раз их копьями пробивали в арке про колизей, значит и камнями запущенными из баллисты тоже можно пробить.